Linux life: 2011

2011年11月12日土曜日

NetCDF 4.1.3, GMT 4.5.7 install on Vine Linux 6

以下は地図などのプロットに欠かせない Generic Mapping Tools のインストールについての記録です。

まず NetCDF をインストール。/usr/local/netcdf 以下に。HDF5 とかはよく分からないので disable。

$ cd /tmp
$ wget http://www.gfd-dennou.org/library/netcdf/unidata-mirror/netcdf-4.1.3.tar.gz
$ gtar xfvz ~/tmp/netcdf-4.1.3.tar.gz
$ cd netcdf-4.1.3
$ ./configure --prefix=/usr/local/netcdf --disable-netcdf-4
$ make check
$ su -
# make install

次に GMT。

$ cd /tmp
$ wget ftp://ftp.soest.hawaii.edu/gmt/gmt-4.5.7.tar.bz2
$ wget ftp://ftp.soest.hawaii.edu/gmt/gshhs-2.2.0.tar.bz2
$ bzcat gmt-4.5.7.tar.bz2 | tar xfv -
$ cd GMT4.5.7
$ bzcat ../gshhs-2.2.0.tar.bz2 | tar xfv -
$ ./configure --prefix=/usr/local/gmt --enable-triangle --disable-flock\ 
--enable-eps --enable-octave --enable-netcdf=/usr/local/netcdf --disable-xgrid
$ make all
$ make suppl
$ su -
# make install-all

パスを通す設定。

$ vi ~/.bashrc
PATH="$PATH":/usr/local/netcdf/bin:/usr/local/gmt/bin

念のためにテスト。

$ pscoast -JM16.0c -R128/148/28/46 -Dh -Ba5f1wsne -W1p -P > gmt.ps
$ evince gmt.ps

補足

[2012-10-29]

Vine Linux のパッケージで GMT 4.5.8 がインストールできるようになったようです。関係者の皆様に感謝いたします。

2011年10月2日日曜日

updatedb, slocate の設定 (Vine Linux 6)

slocate コマンドでファイル名をすばやく検索できるようにするために、下記の設定が必要。

# vi /etc/updatedb.conf
DAILY_UPDATE=yes
# updatedb

(スーパーユーザで実行)

【2011-11-25追記】
上記だけだと実行できていないよう。

# vi /etc/cron.daily/slocate.cron
#nodevs=$(< /proc/filesystems awk 'BEGIN { f = 1; }
#       $1 == "nodev" { if (!f) printf (","); f = 0; printf $2; }')
nodevs=$(< /proc/filesystems awk '$1 == "nodev" { print $2 }')

（参考） Vine BTS: 1223: slocateパッケージの不具合

2011年10月1日土曜日

Vine Linux 6 (x86_64) install on ThinkPad X220

Lenovo ThinkPad X220 (4286CTO, Core i5-2520M, メモリ8GB, HDD 320GB, Centrino Advanced-N + WiMAX 6250) に Vine Linux 6 (x86_64) をインストールした時のメモです。PC にはじめから入っていた Windows 7 との dual boot にしました。

主な手順は

GParted で HDD のパーティションを2つに分ける
Vine Linux 6 を外付け DVD (USB接続) からインストール
Windows ブートマネージャーで、起動するOSを選べるようにする

のようです。

GParted で HDD のパーティションを2つに分ける

GParted Live の ISO image をこちらからダウンロードしてCDなどに焼き、そのCDからブートします。

初期状態は以下のようでした。

/dev/sda1	ntfs	SYSTEM_DRV	1.17 GiB
/dev/sda2	ntfs	Windows7_OS	287.15 GiB
/dev/sda3	ntfs	Lenovo_Recovery	9.77 GiB
未割り当て	未割り当て		1.34 MiB

/dev/sda2 を選んで適当なサイズに[リサイズ]で縮小します。
その後、作成した未割り当て領域を選択し、[New]
種類: 基本パーティション
ファイルシステム: ext3
[Apply]

Vine Linux 6 を外付け DVD (USB接続) からインストール

あらかじめ Vine60-DVD-x86_64.iso を焼いた DVD からブートします。それからはこちらに従って進めます。以下ポイントのみ。

ディスクの設定

ファイルシステムタイプ: swap
容量(MB): 10240
固定容量

マウントポイント: /
ファイルシステムタイプ: ext4
最大許容量まで使用

の2つの領域を作成。

ブートローダの設定

「高度なブートローダオプションの設定」にチェックを入れます。
ブートローダをインストールする場所: /dev/sda5 ブートパーティションの最初のセクタ

MBRにはインストールしません。

Windows ブートマネージャーで、起動するOSを選べるようにする

GParted Live CD から起動

HDDの Windows と Linux パーティションの操作を行うため、再度 GParted Live CD から起動します。HDDにインストールしたLinux はまだ起動できませんので。

で、以下の操作で、ブートパーティションの最初のセクタにインストールした Linux ブートローダを vine.bin というファイルに書き出します（ファイル名は任意）。

sudo mount -t ntfs /dev/sda2 /mnt
cd /mnt
sudo dd if=/dev/sda5 of=vine.bin bs=512 count=1

[exit] で GParted から抜けます。

Windows 7 起動

いよいよ Windows ブートローダの設定です。
[スタートメニュー]-[全てのプログラム]-[アクセサリ]-[コマンドプロンプト] ([右クリック]-[管理者として実行]) としてコマンドプロンプトを開きます。

C:\> bcdedit /create /d "Linux" /application bootsector
エントリ {ほげほげ} は正常に作成されました。
C:\> bcdedit /set {ほげほげ} device partition=C:
C:\> bcdedit /set {ほげほげ} path \vine.bin
C:\> bcdedit /displayorder {ほげほげ} /addlast
C:\> bcdedit /timeout 30

最初のコマンドで表示される {} の部分を以下のコマンド入力の際に指定します。

その後、

C:\> bcdedit
Windows ブート マネージャー
(略)
Windows ブート ローダー
(略)
リアル モード ブート セクター
--------------------------------
identifier              {ほげほげ}
device                  partition=C:
path                    \vine.bin
description             Linux

と表示されることを確認します。これで Vine Linux 6 が起動できるようになっているはずです。

参考

以下のサイトを参考にさせていただきました。

2011年9月25日日曜日

Octave 3.4.2 install on Vine Linux 6

Vine Linux 6 の apt-get でインストールできる octave は 3.0.2 と少し古く、また、

# apt-get -s install octave
以下のパッケージは解決できない依存関係を持っています:
  octave: 依存: libgfortran.so.1()(64bit) それをインストール
することができません
E: 壊れたパッケージです

という悲しい状態でしたので、ソースからコンパイルしてみました。

# apt-get install hdf5 hdf5-devel blas blas-devel \
  lapack lapack-devel ImageMagick-devel ImageMagick-c++-devel fftw3 \
  fftw3-devel glpk glpk-devel glpk-utils qhull qhull-devel suitesparse \
  pcre-devel fltk fltk-devel
$ cd /tmp
$ gtar xfvz octave-3.4.2.tar.gz
$ cd octave-3.4.2
$ vi configure
(31396行に下記挿入; pcre.h not found などのerrorが出るため)
ac_cv_pcre_h_macros_present=yes
$ CFLAGS=-O CXXFLAGS=-O ./configure --prefix=/usr/local/octave
$ make
$ make check
# make -n install
# make install
$ vi ~/.bashrc
PATH="$PATH":"$HOME"/bin:/usr/local/octave/bin/

suitesparse はうまく使われていないようですが、octave が使えるようになったのでまあよしとしましょう。

[追記 2012-03-07]
Pcre, suitesparse 等を configure に教えるスマートな方法がありましたので、octave 3.6.1 への対応とあわせて、新しい記事を書きました。合わせてご参照ください。